博物館基本陳列以“水綠山青，風高民淳”為主題，展示高淳的歷史人文生態(tài)。分為“原始聚落·上古城邑”、“水工興利·圩田稼穡”、“天地人神·精神世界”、“流民播遷·族群社居”、“口傳心聲·文化語境”、“地產風物·人文遺珍”六個單元。 展覽內容有：一萬多年前的動植物化石；距今6300多年前的新石器時代“薛城遺址”的生活場景復原；伍子胥開挖世界上最古老人工運河之一——胥河的場景復原；以及比石頭城早建208年的古固城場景復原和高淳老街的場景復原和3D顯示；高淳道教神像畫和重要非遺大馬燈、跳五猖圖像和光影顯示；高淳作為江南水鄉(xiāng)的歷史治水壯舉和現(xiàn)代兩大支柱產業(yè)水運（含造船業(yè)）和螃蟹養(yǎng)殖的場景再現(xiàn)；被稱為“古漢語活化石”的高淳方言以及高淳民風民俗的展覽展示等。